თბილისის საქალაქო სასამართლომ ერეკლე კოდუა სისხლის სამართლის კოდექსის 333-ე მუხლის პირველი ნაწილით, სამსახურებრივი უფლებამოსილების გადამეტების ორი ეპიზოდში დამნაშავედ დაუსწრებლად ცნო. სასჯელის შთანთქმის პრინციპისა და 2012 წლის ამინისტიის შესახებ საქართველოს კანონის საფუძველზე, კოდუას სასჯელი - 2 წელი და 8 თვე შეუმცირდა 2 წლამდე, ასევე, ჩამოერთვა თანამდებობის დაკავების უფლება 2 წლით.

ბრალდების ინფორმაციით, 2008 წლის 29 აგვისტოს, სპეციალური ოპერატიული დეპარტამენტის დირექტორმა, ერეკლე კოდუამ, ნარკოტიკული საშუალების უკანონო შეძენა-შენახვის ფაქტზე დაკავებულ მერაბ რობაქიძეს არასაპატიმრო სასჯელზე საპროცესო შეთანხმების გაფორმების სანაცვლოდ სახელმწიფოსთვის გადასაცემად 90 ათას დოლარად აყიდინა ორი ავტომანქანა და ნაცვლად სახელმწიფოზე გადაცემისა, გააფორმა თავისი შვილის სახელზე.

ასევე, 2009 წლის თებერვალში, ნარკოტიკული საშუალების უკანონო შეძენა-შენახვის ფაქტზე დაკავებული გიორგი გურჩიანისთვის კოდუამ არასაპატიმრო სასჯელზე საპროცესო შეთანხმების გაფორმების სანაცვლოდ, მის ძმას შპს ტოიოტა ცენტრი თბილისის დირექტორს ერეკლე გურჩიანს, გადაახდევინა კოდუას დედის - ლაურა ღაჭავას მიერ ტოიოტადან გამოყვანილი ავტომანქანის საფასური 92 ათასი დოლარი და დამატებით აყიდინა 41 500 ლარის ღირებულების ავტომანქანა, რომელიც მოგვიანებით გადაიფორმა საკუთარ თავზე.

თბილისის საქალაქო სასამართლოში ამჟამად არსებითად იხილება ერეკლე კოდუას ბრალდების კიდევ ერთი სისხლის სამართლის საქმე, რომელიც ეხება საქართველოს პარლამენტის წევრ ვალერი გელაშვილზე 2005 წელს მომხდარი შეიარაღებული თავდასხმისა და მისი სასტიკად ცემის ფაქტს.